Столкнулся с нестандартным случаем, при попытке обновить системные
пакеты получаю куча ошибок связанных с тем, что имеются дублирующиеся
пакеты.
В случае выполнения команды сканирования системных пакетов на дублирующиеся пакеты, я получил такой вывод:
# package-cleanup --dupes
kbd-misc-1.15.5-11.el7.noarch
kbd-misc-1.15.5-13.el7.noarch
cyrus-sasl-md5-2.1.26-17.el7.x86_64
cyrus-sasl-md5-2.1.26-21.el7.x86_64
iputils-20160308-10.el7.x86_64
iputils-20121221-6.el7_1.1.x86_64
libhbalinux-1.0.16-4.el7.x86_64
libhbalinux-1.0.17-2.el7.x86_64
totem-3.22.1-1.el7.x86_64
totem-3.8.2-5.el7.x86_64
numactl-libs-2.0.9-6.el7_2.x86_64
numactl-libs-2.0.9-5.el7_1.x86_64
libvirt-daemon-driver-nwfilter-1.2.8-16.el7_1.5.x86_64
libvirt-daemon-driver-nwfilter-3.2.0-14.el7_4.3.x86_64
rsyslog-8.24.0-12.el7.x86_64
libpurple-2.10.11-5.el7.x86_64
libpurple-2.10.7-22.el7.x86_64
libsndfile-1.0.25-10.el7.x86_64
libsndfile-1.0.25-9.el7.x86_64
libsndfile-1.0.25-9.el7.i686
libsndfile-1.0.25-10.el7.i686
abrt-2.1.11-48.el7.centos.x86_64
abrt-2.1.11-22.el7.centos.0.1.x86_64
Вывод не полный, но фактически было более 900 пакетов, которые конфликтовали между собой
Причина:
На ПК более года не обновляли систему, затем решили это проделать,
запустили команду yum update -y но ждать надоело и выключили
принудительно ПК в процессе установки новых пакетов 
. Теоретически данный случай может произойти также в случае аварийного отключения электропитания.
Последствия:
Дублирующиеся и конфликтующие старые пакеты с новыми. При этом система
продолжала штатно работать. За исключением только, что не смогла
загрузиться с обновлённого ядра.
Решение: В случае если таких пакетов не много то в Интернет источниках пишут, что данную проблему можно решить командой:
package-cleanup --cleandupes
Но в "моём" случае это не помогло и решалась проблема очень нудно и долго.
1. Выполнял команду package-cleanup --dupes
2. Выбираем пакеты, которые более старые и удаляем их:
rpm -e kbd-misc-1.15.5-11.el7.noarch cyrus-sasl-md5-2.1.26-17.el7.x86_64 3.
В случае получения ошибки связанные с зависимостями с другими пакетами,
выполняем принудительное удаление старого пакета из RPM базы:
rpm -e --nodeps --justdb abrt-2.1.11-22.el7.centos.0.1.x86_64
4. По завершению данного процесса выполняем очистку кэша и пробуем обновить пакеты:
yum clean all && yum update -y