Методом наблюдения через atop определил что сервак падает из-за повышенной нагрузки на винты во время бекапа, решил проблему запуском скриптов с параметрами ниже:
nice -n 19 ionice -c 3 /patch/to/script.sh
Что означает выполнять комманду с наинизшим приоритетом 19, вторая комманда выполнять обращения к винчестеру только тогда, когда винт не занят. На моих серверах это существенно снизило тормоза при бекапироваии
